a estrutura de empresas e organizações no Adempiere funciona assim:
nivel 1 - CLIENT = Empresa (pode trocar informações de todas as organizações abaixo)
nível 2 - ORG = Organização (seria o exemplo de matriz e filial), com a opção por exemplo se vc cadastra um parceiro de negócios para ORG = A só ela tem acesso, porém se vc criar como ORG = *, todas as orgs daquele client tem acesso.
as customização são feitas no CLIENT = SYSTEM, o qual é replicada para todos os clients criados, e existe uma função no Adempiere (a qual nunca testei) em que vc ainda pode selecinar quais customizações serão utilizadas para cada client.
ou seja, é totalmente viável utilizar um mesmo db para várias empresas distintas
sds, Mario