Existem varias formas de cadastrar empresa, eu penso que você cadastraria um Cliente inicial que seria sua empresa principal ou grupo de empresas, depois criaria organizações que seriam realmente as empresas propriamente ditas ou filiais.
Na hora de cadastrar os produtos e parceiros de negocios vc pode escolher que ele pode ser visto em todas as organizações ou em uma especificamente, deixando como " * " ele pode ser visto em todas as organizações e escolhendo uma organização e so poderá ser visto por aquela organização.
EX: Grupo Alpha (Cliente inicial)
Empresa Beta Matriz (organização)
Empresa Beta Filial 1 (organização)
Empresa Beta Filial 2 (organização)
Empresa Gama Matriz (organização)
Empresa Gama Filial 1 (organização)
Empresa Gama Filial 2 (organização)
Lembrando que o pessoal da Kenos desenvolveu um CNPJ único, caso a empresa seja matriz/filial e apenas muda o final do cnpj. Tem um parametro em configuração do sistema cnpj unico.
Mas sugiro que outras pessoas digam foi feito o cadastro do Adempiere…